從2003年7月1日零時起，正式開始了高架道路的拆除工程。随著一部分清溪川道路的拆除，清溪川開始顯露出其原來的面貌。

         清溪川復原的拆遷工程可分為拆除5.86公裡的高架建筑物，5.48公裡的覆蓋建筑物，5.0公裡的下水匯集管道，0.30公裡的地下排水渠道等四個階段。第一階段拆除駛入坡道區段、第二階段拆除高架路面、第三階段拆除支撑高架道路的橋墩、第四階段拆除覆蓋清溪川的覆蓋建筑物。被拆遷的建筑物包括清溪高架道路、3.1高架道路、覆蓋道路、支撑高架道路的371個橋墩、覆蓋道路的橋墩6700個、10條駛入坡道、10座陸橋等。

         拆遷工程按第1工區太平路入口到廣場市場（2公裡）、第2工區廣場市場到蘭溪路，第3工區蘭溪路到新踏鐵橋（1.7公裡），分成3個工區分段進行。在2003年7月1日開工的同時，3個工區分別再分成3個小組共9個小組同時進行了拆遷工程，最大限度縮短了工期。